In Persona 5 geht es um die inneren und äußeren Konflikte einer Gruppe von außergewöhnlichen Highschool-Schülern. Sie setzt sich aus dem Protagonisten und einer Reihe von Begleitern zusammen, die er im Laufe der Geschichte kennenlernt und mit denen er ein Doppelleben als sogenannte Phantomdiebe führt.

Sie führen auf der einen Seite das übliche Leben normaler Highschool-Schüler in Tokio – Unterricht besuchen, Aktivitäten nach der Schule, Teilzeitjobs. Auf der anderen Seite durchleben sie aber auch fantastische Abenteuer, indem sie mit übersinnlichen Kräften in die Herzen der Menschen eindringen. Diese Kräfte stammen aus der Persona – dem Jung’schen Konzept des „Selbst“.

Die Helden des Spiels erkennen, dass die Menschen von der Gesellschaft gezwungen werden, Masken zu tragen, um ihre innere Verwundbarkeit zu schützen. Und indem sich die Helden selbst ihre Schutzmasken buchstäblich herunterreißen und sich ihrem inneren Selbst stellen, erwecken sie ihre immensen inneren Kräfte, die sie dann wiederum einsetzen, um anderen Menschen in Not zu helfen.

Das übergeordnete Ziel der Gruppe von Phantomdieben lautet, ihre Alltagswelt an ihre besondere Wahrnehmung anzupassen und die Masken zu durchschauen, die die heutige Gesellschaft trägt.