Während die Phantom Diebe tagsüber den Schein waren, gewöhnliche Schüler an einer japanischen Highschool zu sein, betreten sie nachts (über ihr Smartphone!) eine andere – als Metaverse bekannte – Welt. Hier entfesseln sie ihre wahren Persönlichkeiten. Auf der Ebene des Metaverse manifestieren sich die dunkelsten Begierden anderer Personen in Form von Gedankenfestungen, den Palaces. Die Phantom Diebe dringen in diese finsteren Schlösser ein, um das darin hausende Böse zu vernichten.