Il gioco si sviluppa intorno a un importante messaggio per il genere umano, volto a scoraggiare lo sfruttamento senza scrupoli delle tecnologie più pericolose. S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky è il prequel ufficiale del famoso S.T.A.L.K.E.R., titolo sviluppato dagli studi ucraini di GSC Game World. Il gioco è ambientato nel 2011 e narra gli eventi che hanno preceduto la terza campagna di Strelok nel centro della Zona.

S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky offre un punto di vista alternativo sugli eventi accaduti nel primo episodio e permette al giocatore di mettere alla prova le proprie abilità nei panni di uno s.t.a.l.k.e.r. mercenario, alla ricerca della propria strada nell'universo di gioco.